Ulu Caminin doğusuna bitişik olan Eyyübi Medresesinden günümüze sadece Miladi 1191 tarihli kitabesi kalmıştır. Bu kitabe 800 yıllık olup Urfa' da günümüze kalan çok önemli eserlerden biridir. Aynı yerde bugün görülen tek eyvanlı medrese, Eyyübiler devri medresesinin üzerine1781 tarihinde Nakibzade Hacı İbrahim Efendi tarafından yaptırılmıştır.

Medresenin güney duvarında 1781 tarihinde Firuz Bey tarafından yaptırılan çeşme bulunmaktadır.